这些赠黄庭坚、王诜等人的诗文，一时成为轰动朝野的新闻，舒亶等人趁机痛打落水狗，请求副相王珪检举苏轼的《王复秀才所居双桧》诗。诗云：”凛然相对敢相欺，直干凌空未要奇。根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。“王珪说：”陛下飞龙在天，轼以为不知己，而求之地下之蛰龙，非不臣而何？“神宗冷静地回答：”诗人之词，安可如此论？彼自咏桧，何预朕事？“对苏轼的指控，有的有些牵强，这咏桧诗就是一例。还有苏轼任密州太守期间作的《后杞菊赋》的序言里曾提到吃杞菊的苦种籽，御史认为作者是在直接讽刺全境百姓的贫穷，尤其指朝廷对官吏薪俸的微薄。”生而盲者不识日“是讽刺科举考生的浅陋无知，讽刺考生不通儒学，只知道王安石在《三经新义》里对经书的注释。
苏轼对大部分指控，都坦白承认在诗中批评新政。
在给王诜的诗里，有一行是坐听”鞭笞环呻吟“,又说，”救荒无术归亡逋“,他也提到”虎难摩“是为政贪婪的象征，给李常的诗里，他确是说在密州”洒涕循城拾弃孩“,见到男尸、女尸、婴尸饿死在路边，当时确是”为郡鲜欢“.在给孙觉的诗里，有一行说二人相约不谈政治，是真在一次宴席上约定，谁谈政治就罚酒一杯。给曾巩的诗里说他厌恶那些”聒耳如蜩蝉“的小政客。给张方平的诗里把朝廷比作”荒林蜩蚻（zhá）乱“和”废沼蛙帼淫“,又说自己”遂欲掩两耳“.给范镇的诗里，他直言”小人“,给周邠（bīn）的诗里把当权者暗比作”夜枭“.好友刘恕罢官出京时，苏轼写了两首诗给他：
”敢向清时怨不容，直嗟吾道与君东，坐谈足使淮南惧，归向方知冀北空，独鹤不须惊夜旦，群鸟未可辨雌雄。“”仁义大捷径，诗书一旅亭。相夸绶若若，犹诵麦青青。腐鼠何老吓，高鸿本自冥。颠狂不用唤，酒尽渐须醒。“前一首最后一句取自诗经”俱曰予圣，谁识鸟之雌雄“,等于说朝廷上只有一群乌鸦，好坏难辨。后一首表达自己对小人的争权争位不屑一顾。这些无疑激怒了朝廷的大臣。
苏轼写《狱中寄子由》说”梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡“,无比凄惨。审讯者常对他通宵审问。巨大精神压力下，苏轼写下了”与君世世为兄弟，再结来生未了因“的悲惨诗句。苏轼下狱后未卜生死，一日数惊。在等待最后判决的时候，其子苏迈每天去监狱给他送饭。由于父子不能见面，所以早在暗中约好：平时只送蔬菜和肉食，如果有死刑判决的坏消息，就改送鱼，以便心里早做准备。一日，苏迈因银钱用尽，需出京去借，便将为苏轼送饭一事委托远亲代劳，却忘记告诉远亲暗中约定之事。偏巧那个远亲那天送饭时，给苏轼送去了一条熏鱼。苏轼一见大惊，以为自己凶多吉少，便以极度悲伤之心，为弟苏辙写下诀别诗两首，其一：”圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可埋骨，他年夜雨独伤神。与君世世为兄弟，更结来生未了因。“其二：”柏台霜气夜凄凄，风动琅珰月向低。梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。额中犀角真君子，身后牛衣愧老妻。百岁神游定何处？桐乡应在浙江西。“苏轼自知诗作写好之后，必定是要上呈给皇帝的。想着只要耽搁了两天，说不定可以使皇帝收回成命。
当时当朝多人为苏轼求情，王安石也劝神宗说：圣朝不宜诛名士。又因太皇太后曹氏、章惇等人出面力挽，神宗遂下令对苏轼从轻发落，苏轼终免一死，贬谪为”检校尚书水部员外郎黄州团练副使本州安置“,轰动一时的”乌台诗案“就此销结。
结果
十月十五日，御史台申报苏轼诗案的审理情况，其中辑集苏轼数万字的交代材料，查清收藏苏轼讥讽文字的人物名单，计有司马光、范镇、张方平、王诜、苏辙、黄庭坚等二十九位大臣名士。李定、舒亶、王珪等欲置苏轼于死地而后快，但神宗一时举棋不定，太祖早有誓约，除叛逆谋反罪外，一概不杀大臣。
同时，正直人士也仗义相救。宰相吴充直言：”陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？“已罢相退居金陵的王安石上书说：”安有圣世而杀才士乎？“连身患重病的曹太后也出面干预：”昔仁宗策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？“可笑的是，同属于苏轼口中的”新进“章惇，也积极的营救了苏轼，并不惜与宰相王珪翻脸。
十二月二十九日，圣谕下发，苏轼贬往黄州，充团练副使，但不准擅离该地区，并无权签署公文。这样的结果，李定等人大失所望。
元丰三年（1080年）二月，苏轼因”乌台诗案“贬谪黄州（今湖北黄冈）团练副使，职位相当于今之县武装部副部长，无”签单权“,精神寂寞，穷愁潦倒。第三年四月，苏轼撰诗并书《寒食帖》，发人生之叹，写苍凉之情，表惆怅孤独之怀，通篇书法起伏跌宕，光异彩，势奔放，无荒率笔，被称”天下第三行书“,墨迹素笺本，现藏台湾故宫博物院。
受害人
受到牵连的人中，三个人的处罚较重。驸马王诜因泄露机密给苏轼，而且时常与他交往，调查时不及时交出苏轼的诗文，且更因对待公主不礼貌，宠妾压妻。被削除一切官爵。其次是王巩，被御史附带处置，发配西北。第三个是苏辙，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪，他并没有收到什么严重的毁谤诗，但由于家庭连带关系，仍遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。
其他人，张方平与其他大官都是罚红铜三十斤，司马光和范镇及苏轼的十八个别的朋友，都各罚红铜二十斤。
值得一提的是，那些平时与苏轼互相诗文唱和，引为知己的保守派大臣们，在苏轼入狱其间，一个给他求情的都没有，反而是那些被保守派称之为”奸邪“、”小人“、”新进“的那些变法派大臣，纷纷上书为苏轼求情。此真可谓是一目了然也。